האבחון והבדיקות 
התסמינים שתוארו לעיל אינם ספציפיים למחלת הקרוהן, ובהחלט יכולים לבטא מחלה אחרת כמו למשל גסטרואנטריטיס חריפה כתוצאה מזיהום חולף. לפיכך, בשלב ההתחלתי עם פניית המטופל לרופא משפחה, האחרון יבצע בירור ראשוני שכולל שיחה, בדיקה גופנית ובדיקות מעבדה. במידה ויתעורר חשד למחלת הקרוהן, החולה יופנה לגסטרואנטרולוג להמשך בירור. הבירור יכלול שילוב של בדיקות דם, הדמיה ובדיקות אנדוסקופיות של מערכת העיכול (גסטרוסקופיה, קולונוסקופיה ובמידת הצורך קפסולה למעי הדק). 
 

לכל אחת מהבדיקות שצוינו לעיל יש מטרה:

בדיקות מעבדהבבדיקות המעבדה הבסיסיות ניתן למצוא אנמיה (חוסר דם), סימני דלקת שיכולים לבטא את הפעילות הדלקתית של המחלה, מחסור בוויטמינים ובאלמנטים אחרים כתוצאה מתת ספיגה ותת תזונה. כיום ניתן לבדוק נוגדנים בדם, שיכולים להופיע בחולי קרוהן. עם זאת, חשוב לזכור שהנוגדנים הללו יכולים להיות גם שליליים בחולי קרוהן וגם חיוביים באנשים בריאים, לפיכך הם מסייעים רק כנתון מחשיד למחלה ולא כנתון המאשר אותה.

בדיקות הדמיה כגון CT ו- MRI:  בדיקות אלו נועדו להעריך את התהליך הדלקתי במערכת העיכול, בעיקר במעי הדק, לבדוק את היקף המחלה, לחפש סיבוכים כמו מורסה או פיסטולה, ולשלול סיבות אחרת לתסמינים עליהם מתלונן המטופל.

(בדיקת US והרחבה על בדיקות CT ו- MRI , ניתן למצוא בלשונית: בדיקות הדמיה)

בדיקות אנדוסקופיות: קולונוסקופיה היא בדיקה, שבמהלכה מוכנס צינור עם מצלמה בקצהו דרך פי הטבעת לכל אורך המעי הגס. בקולונוסקופיה נבדק גם חלק רחיקני של המעי הדק (איליום סופי) שצוין לעיל כחלק שבו המחלה נמצאת בשכיחות גבוהה. במהלך הבדיקה נלקחות ביופסיות על מנת לחפש סימני מחלת קרוהן במיקרוסקופ. במידה ויש חשד למעורבות של מערכת העיכול העליונה, מבוצעת גם גסטרוסקופיה להערכת וושט, קיבה ותריסריון. תוצאות תקינות לבדיקות עדיין לא שוללות לחלוטין את מחלת הקרוהן, כיוון שבדיקות אלה אינן מסוגלות לבדוק את כל אורך המעי הדק. לכן במקרים בהם יש חשד סביר למחלת קרוהן, מבוצעת בדיקת קפסולה למעי הדק. במהלך הבדיקה החולה בולע מכשיר בגודל של כדור אנטיביוטיקה בערך. הקפסולה עוברת את המעי הדק, מצלמת אותו מבפנים ומשדרת תמונות למכשיר קטן התלוי על החגורה. בהמשך, התמונות מועברות לבדיקת רופא שמחפש במעי הדק אזורים חולים שלא נבדקו במהלך אנדוסקופיות רגילות. הקפסולה אף יכולה לסייע בהערכת היקף המחלה, ולהשפיע על הטיפול.

כיום אין בדיקה אחת שיכולה לאשר חד משמעית את מחלת הקרוהן. לפיכך, חשוב לבצע את הבדיקות השונות ולשלב את כל הנתונים מכל הבדיקות על מנת להרכיב פאזל נכון ולהגיע לאבחנה המדויקת.