למרות שמדובר במחלות ש"אפשר לחיות איתן" ואפילו חיים נורמטיביים לחלוטין, עד כה לא נמצא טיפול המביא לריפוי מלא של מחלות הקרוהן והקוליטיס. הטיפולים הקיימים נועדו להפחית את התהליך הדלקתי, להקל על חומרת התסמינים, למנוע את התחדשותם ולשפר את איכות החיים. בהתאם לכך, אפשר לומר שחולה קרוהן או קוליטיס נמצא בטיפול, אקוטי או מניעתי, במשך כל חייו. 
קיימים מספר סוגי טיפולים, המותאמים אינדיווידואלית לכל מטופל בהתאם לחומרת הדלקת ולתלונותיו הסובייקטיביות. סוגי הטיפולים העיקריים הם תרופתיים, כירורגיים ותזונתיים. 
הטיפול התרופתי מתחלק לארבע קבוצות: תרופות נוגדות דלקת; תרופות המדכאות את מערכת החיסון; תרופות ביולוגיות  ותרופות נלוות (אנטיביוטיקה, תכשירים נגד שלשול, תוספי תזונה). בתקופות התלקחות של המחלה, יינתן גם טיפול בתרופות ממשפחת הסטרואידים, המיועד להפחית את חומרת התסמינים, להקל על הכאבים ולשפר את התיאבון.

נטילת תרופות "כל החיים"– עם חשיבה חיובית
הגישה הרפואית כיום ממליצה על המשך טיפול תרופתי גם במצב של רמיסיה (הפוגה), במטרה לשמר את המצב השקט ולמנוע התלקחות של הדלקת. כלומר, גם כשהמחלה שקטה, קיימת תזכורת יומית בדמות כדור קטן או עירוי באופק. 

סביב הצורך בטיפול תרופתי ל"כל החיים"יכולים להתעורר רגשות של ייאוש, תסכול, דיכאון, פחד וכיו"ב. רגשות אלו מלווים במחשבות טורדניות, שעלולות להוביל להתנהגויות הפוגעות בתפקוד היומיומי. על חלק מהדברים אין לנו שליטה, אך על חלק אחר ניתן לשלוט, וחשוב לנסות ולשנות את המצב הרגשי דרך שינוי הפרשנויות שאנו נותנים למציאות. למשל, במקום הרגשות השליליים שצוינו לעיל, ניתן להתעודד בכך שהטיפול התרופתי נועד לסייע ולמנוע כאבים. לעיתים עם הזמן שוכחים מה הוביל לקבלת הטיפול, ומטופלים רבים מדווחים כי בעקבות הרמיסיה החליטו על דעת עצמם להפסיק את הטיפול התרופתי, וכך המחלה התעוררה מחדש. ההיזכרות בתועלת של התרופה ובמצבים הקשים שחלפו בעקבותיה, יכולה לסייע בקבלת המצב ולהבנה ש"השד לא נורא כל כך". 

כל תרופה מעוררת שתי תגובות בגוף: האחת נובעת מההשפעה הכימיקלית של התרופה, השנייה שנקראת "אפקט פלסבו" נובעת מהאמונות והציפיות שלנו מהתרופה. אלפי מחקרים מדעיים הוכיחו את כוחו של הפלסבו, בהראותם כיצד מתן גלולת דמה גורמת לשיפור משמעותי ברמתם של תסמינים שונים. הדבר מוכיח כי למחשבות ולאמונות שלנו יש השפעה גם על המצב הגופני שלנו. מכאן, שניתן להגביר את השפעת התרופה על-ידי ליווי נטילתה במחשבות חיוביות.

הדבר משמעותי במיוחד בקבלת תרופה הניתנת דרך עירוי. במהלך מספר שעות בהן ניתן העירוי, יש באפשרותכם "לתקשר" עם עצמכם ולחשוב על משפטים ודימויים חיוביים בנוגע לטיפול. כל אחד יכול לפתח לעצמו דימוי, שילווה אותו בעת קבלת העירוי. תרופה ביולוגית נוגדת TNF, הניתנת בעירוי פועלת על-ידי עצירת העברת המסר בין התאים. תאים אשר אחראים על הגברת או הפחתת הפעילות הדלקתית מכילים מספר חומרים, ביניהם tumor necrosis factor alpha.

תפקיד התרופה להיקשר לאותם החומרים ולנטרל את השפעתם, ובכך לעצור תהליך של שרשרת אירועים המובילה להתלקחות הדלקת. דימוי מתאים לכך הוא של דומינו - אם שולפים מספר חלקים של הדומינו, אז תיעצר הנפילה בשרשרת, והחלקים הניצבים מאחורי החלל הריק שנוצר כתוצאה מהוצאת החלקים יוכלו להמשיך לעמוד. כמו הדומינו שלא נפל בזכות עצירת ההתדרדרות, כך גם התרופה מאפשרת לכם לעמוד ולצעוד קדימה!! דימוי מסוג זה יכול להעביר מסר חיובי ומחזק למוח בזמן קבלת העירוי, ובכך לחזק את השפעת הטיפול.

תופעות לוואי - קחו אותן בפרופורציות
תופעת לוואי הינה כל תופעה המופיעה בנוסף לאפקט הרצוי של התרופה. בדרך כלל מדובר בתופעה לא רצויה. תופעות לוואי יכולות להתבטא במערכות שונות בגוף –מערכת העיכול, בעיות שינה, מצבי רוח, סחרחורות, בעיות עור. לעיתים, מטופלים מסרבים לקבל טיפול תרופתי בשל תופעות הלוואי של התרופה. זהו שיקול הגיוני, אך לפני שתקבלו החלטה כזו, חשוב שתשאלו את עצמכם ואת רופא הגסטרו שלכם: האם

התועלת והרווח של התרופה גדולים יותר מתופעות הלוואי שלה? 
האם יש דרך להימנע מתופעות הלוואי או להפחית אותן? כמו רוב הסוגיות הקשורות למחלות מעי דלקתיות, גם כאן כל מטופל יגיב בצורה שונה, ולכן על כל אחד ללמוד דרך התנסותו האישית מה מסייע לו. כפי שצוין קודם, למוחנו יש יכולת להשפיע על תהליכים בגוף, והדבר נכון גם לגבי תופעות הלוואי. אם תיגשו לעירוי כשבראשכם מחשבה כגון "שוב אהיה חולה יומיים אחרי העירוי", זו עלולה להיות נבואה שמגשימה את עצמה. לעומת זאת, מחשבות חיוביות כמו "מצפים לי שישה שבועות של הפוגה לאחר העירוי", הן מחזקות ומועילות יותר. נסו!!

תקשורת עם הרופא– סוד הטיפול האופטימלי
תם העידן הפטרנליסטי בו הרופא מורה למטופל מה לעשות, והמטופל מבצע מבלי להבין את משמעות המחלה, הטיפול התרופתי וכו'. כיום, בעידן האינטרנט, כל מטופל הוא גם "קצת רופא" של עצמו, שמכיר את כל האפשרויות הטיפוליות, ופעמים רבות גם עושה "שופינג" של רופאים לקבלת חוות דעת שונות. מדובר במהלך בריא אם הוא נעשה במינון נכון, וכל עוד זוכרים שהרופא הוא איש המקצוע ובעל הניסיון, שמתאים את הטיפול לאדם היושב מולו. כמובן שבשיתוף הידע והניסיון של המטופל, ניתן להגיע לתוצאות הטיפוליות הטובות ביותר. 

זכרו כי באחריותכם לספק לרופא את כל המידע, כולל המידע ה'לא נעים' כגון אי לקיחת תרופות באופן קבוע, חוסר משמעת תזונתית וכדומה. באחריותכם גם להגיע לביקורות התקופתיות, גם אם המחלה שקטה. המלצה נוספת היא להישאר נאמנים לאותו רופא גסטרו, שעם השנים יכיר אתכם אישית, וכך יוכל להתאים את הטיפול גם על פי אישיותכם. כך למשל, רופא שמכיר את המטופל כמי שמאופיין בחוסר היענות ללקיחת תרופה, יבחר עבורו בטיפול שניתן בדרך אחרת. 

כאמור, הרופא המטפל צריך לקבל את המידע מכם, ועל מנת שתספקו מידע זה, עליכם להרגיש בנוח עם הרופא. אנשי צוות נוספים הנמצאים בצוות המטפל בחלק מבתי החולים, כגון מתאמת קלינית, דיאטנית, או פסיכולוגית, יכולים אף הם להוות דמויות נגישות וכך ניתן  להעביר דרכן את המידע לרופא. כך או אחרת, שקיפות מול הצוות המטפל הרב תחומי היא הסוד לתפירת הטיפול המתאים ביותר לכל אחד.